Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA Hasil PCR atau reaksi enzim dari Brand Magen

1. DNA

Deskripsi

DNA (deoxyribonucleic acid/asam deoksiribonukleat) adalah suatu asam nukleat yang mengandung instruksi/informasi genetik spesifik untuk perkembangan biologis dan fungsional tubuh seluruh makhluk hidup eukariotik, prokariotik dan beberapa virus. 

Struktur DNA

DNA tersusun atas Mononukleotida, yaitu terdiri dari satu basa nitrogen (Adenin, Guanin, Citosin, Timin), satu gula 2-deoksi-D-Ribosa (Deoksiribosa), dan satu gugus posphat. Bentuk dari DNA double helix atau double strand, strand satu dengan strand kedua  bersifat komplementer atau berpasangan dan dihubungkan dengan ikatan hidrogen (Gambar 1). 

Gambar 1. DNA double helix

Bagian dari molekul DNA yang membawa informasi genetik adalah basa nitrogennya, sementara gula dan fosfat berperan dalam membentuk struktur (tulang punggung) DNA.

2. RNA

Deskripsi

RNA (Ribonucleic Acid/Asam Ribonukleat) adalah molekul polimer yang terlibat dalam berbagai peran biologis dalam mengkode, dekode, regulasi, dan ekspresi gen. Banyak virus mengkodekan informasi genetik mereka menggunakan genom RNA.

Struktur RNA

Sama halnya dengan DNA, RNA tersusun atas Mononukleotida, yaitu terdiri dari satu basa nitrogen (Adenin, Guanin, Citosin, Urasil), satu gula D-ribosa dan satu gugus phospat. Berbeda dengan DNA, RNA hanya memiliki untai tunggal atau single helix (Gambar 2). Ada tiga macam RNA yang fungsinya berbeda-beda, namun saling berhubungan dalam proses sintesis protein yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA. 

Gambar 2. RNA single Helix

3. Isolasi DNA/RNA

Genom pada semua sel adalah DNA, sedangkan pada virus genom dapat berupa DNA atau RNA. Saat ini telah berkembang pesat teknologi dalam keilmuan biologi molekuler. Salah satunya teknologi rekombinan DNA, yaitu teknologi mendasar yang dilakukan dalam penelitian bioteknologi modern. Teknologi ini mulai berkembang sekitar tahun 1970an. Prinsip dasar dari teknologi ini adalah mengisolasi DNA dari organisme target yang disisipkan ke sel inang dengan cara transformasi atau sering disebut juga dengan kloning DNA. oleh sebab itu penting untuk melakukan teknik isolasi DNA atau RNA yang benar agar diperoleh sampel DNA atau RNA yang berkualitas baik.

Sebelumnya pernah kami bahas juga mengenai teknik isolasi DNA/RNA. Disini akan kami bahas secara ringkas mengenai isolasi DNA/RNA.

Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi dan atau purifikasi DNA dari suatu sel sebagai tahap awal suatu analisis genetik. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada dasarnya merupakan serangkaian proses pemisahan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Saat ini isolasi DNA secara teknis menjadi lebih mudah dengan munculnya berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi dalam bentuk kit.

Isolasi DNA diperlukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Terdapat 3 prinsip utama dalam isolasi DNA

Yaitu:

1). penghancuran (lisis), 

2). ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein,

3). pemurnian DNA. 

Prinsip dasar isolasi DNA dapat diaplikasikan dengan berbagai macam tahapan ekstraksi dan purifikasi DNA dengan berbagai modifikasi disesuaikan dengan kebutuhan atau jenis sampel yang diekstraksi.

Isolasi RNA

Sama dengan DNA,  isolasi RNA digunakan untuk memisahkan RNA dari zat lain sehingga dihasilkan RNA murni. Dan prinsipnya pun tidak jauh berbeda dengan isolasi DNA. Isolasi RNA meliputi tiga hal, yaitu: Ekstraksi RNA, Pemurnian RNA, dan Presipitasi RNA. Namun, molekul RNA relatif lebih pendek dan lebih sulit rusak dengan shearing sehingga disrupsi sel dapat dilakukan dengan lebih agresif.

Isolasi RNA dapat dilakukan dengan mudah menggunakan Kit Isolasi RNA. Penggunaan Kit Isolasi RNA memberikan hasil isolat RNA yang lebih murni dari kontaminan dan dari degradasi RNA. 

4. PCR

PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah pemeriksaan laboratorium untuk mendeteksi keberadaan material genetik (DNA/RNA) dari sel, bakteri, virus atau material genetik makhluk hidup lainnya. Prinsip kerja PCR yaitu sintesis enzimatik untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. Metode ini dikembangkan pertama kali oleh Kary B. Mullis pada tahun 1985. Metode ini sekarang telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetic. 

Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA template (95°C), penempelan (annealing) primer (55-60°C), dan polimerisasi (extension) rantai DNA (72°C). Teknik amplifikasi DNA menggunakan PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA menjadi ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106-107 kali. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekuler karena relatif murah, cepat dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. Saat pandemi ini teknik PCR menjadi gold standard dalam pemeriksaan COVID-19.

Kini terdapat 2 jenis PCR yaitu PCR konvensional dan RT PCR (Real time PCR). Pada analisa PCR konvensional, deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi dan pengamatan masih harus dilakukan dengan elektroforesis. Dengan analisa Real Time PCR memungkinkan untuk dilakukan pengamatan pada saat reaksi berlangsung. Pada Real Time PCR pengamatan hasil tidak lagi membutuhkan tahap elektroforesis, sehingga tidak lagi dibutuhkan gel agarose dan penggunaan Ethydium Bromide (EtBr) yang merupakan senyawa karsinogenik.

RT PCR/Q PCR merupakan pengembangan metode PCR yang hasil amplifikasinya dianalisis selama proses amplifikasi dengan menggunakan pewarna DNA atau pelacak berfluoresensi. Adapun perbedaan antara PCR konvensional dan Real time PCR dapat dilihat pada tabel berikut (Tabel 1).

Tabel 1. Perbedaan PCR Konvensional dan Real time PCR

PCR Konvensional	Real time PCR
Sensitivitas lebih rendah	Sensitivitas lebih tinggi
Presisi lebih rendah	Presisi lebih tinggi
Tidak otomatis	Otomatis
Hasil tidak dalam bentuk angka	Data dikumpulkan dalam fase pertumbuhan eksponensial PCR
Deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi	Pengamatan dapat dilakukan saat reaksi berlangsung
Pengamatan keberadaan DNA hasil amplifikasi dilakukan di gel agarosa setelah dilakukan elektroforesis	Keberadaan DNA hasil amplifikasi dapat diamati pada grafik yang muncul sebagai hasil akumulasi fluoresensi dari probe (penanda)

5. Kit Permurnian Fragmen DNA/RNA Magen

Produk PCR atau DNA/RNA hasil reaksi enzimatik maupun gel agarose biasanya dimurnikan dari komponen reaksi untuk menghilangkan nukleotida atau primer atau molekul kecil yang dapat mengganggu kinerja untuk aplikasi selanjutnya. DNA/RNA yang dimurnikan dapat digunakan untuk sekuensing DNA/RNA fluoresen otomatis, kloning, pelabelan, pencernaan enzim restriksi atau transkripsi / terjemahan in vitro tanpa manipulasi lebih lanjut. 

Produk yang kami tawarkan dari brand Magen merupakan Kit untuk memurnikan dan mengkonsentrasikan fragmen DNA atau RNA dari PCR atau reaksi enzimatis antara 60bp-20kbp dengan hasil melebihi 80%. Berikut adalah list produk Kit pemurnian Fragmen DNA/RNA dari Brand Magen.

Tabel 2. Kit Pemurnian Fragmen DNA/RNA hasil PCR dari Brand Magen

Nama Produk	No. Katalog	Size
HiPure Gel Pure DNA Mini Kit	D2111-01 D2111-02 D2111-03	20 preps 100 preps 250 preps
HiPure Poly Gel RNA Kit	R2114-01 R2114-02 R2114-03	10 preps 50 preps 250 preps
HiPure PCR Pure Mini Kit	D2121-01 D2121-02 D2121-03	20 preps 100 preps 250 preps
HiPure DNA Clean Up Kit	D2141-01 D2141-02 D2141-03	10 preps 50 preps 250 preps
HiPure Nucleotide Remove Kit	D2142-01 D2142-02 D2142-03	10 preps 50 preps 250 preps
HiPure RNA Clean Up Kit	R2144-01 R2144-02 R2144-03	10 preps 50 preps 250 preps

Sumber:

1. https://id.wikipedia.org/wiki/Asam_ribonukleat

2. Kemenkes 

3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC342166/ 

4. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215016117300304 

Subscribe to receive free email updates: